A história de Mortal Kombat 11 se passa em um momento conturbado na linda do tempo. Raiden, munido de poder e fúria, mata cruelmente o deus Shinnok e parte enfurecido para assassinar seus outros inimigos. Esse evento causa um terrível desiquilíbrio no universo e obriga a poderosa Kronika, Guardiã do Tempo, a convocar guerreiros do presente e do passado para uma nova guerra.